El Colegio San Gabriel fue fundado por los Jesuitas, como el primer Colegio de de esta congregación en Quito. En la Colonia, en 1586, sirvió a la sociedad durante 181 años hasta que por la expulsión de la Compañía de Jesús, se cerró en 1767.
 
Se reabre en la República, el 3 de septiembre 1862, cuando el Presidente García Moreno, celebra un contrato con la Compañía de Jesús para que se haga cargo de la educación pública.
 
Al comienzo de esta segunda etapa conserva su antiguo nombre de "San Luis", hasta el curso 1872-1873. El 31 de octubre en acto solemne de apertura del año escolar, Mons Checa, le denomina "San Gabriel Arcángel" en honor de Gabriel García Moreno.

Desde 1991 el Colegio mantiene como estructura del nivel medio, tres ciclos integrados así: ciclo de fundamentación, primero y segundo cursos; propedéutico, tercero y cuarto cursos; y especialización, quinto y sexto cursos.

Finalizados y aprobados los estudios el Colegio otorga, en la actualidad, el título correspondiente de Bachiller en Ciencias con especialización en Físico- matemáticas, Químico - Biológicos y Sociales.
 
Se fundó en Quito en septiembre de 1862. En 1906 en su antiguo local de la calle Benalcázar, sucede el milagro de la imagen de la Dolorosa ante los alumnos internos.

El Colegio San Gabriel, como colegio particular pertenece a la Compañía de Jesús y, por lo tanto, está amparado por el Modus Vivendi. Es miembro nato de la Sociedad Directora de Colegios de la Compañía de Jesús (R.O. No 293 del 20 de agosto de 1949) y se pertenece como Institución de signo católico a la Confederación Ecuatoriana de Establecimientos de Educación Católica (CONFEDEC).